EFA’lar kalp sağlığı için faydalı olsa da doymuş yağlardan veya trans yağlardan alınan serbest yağ asitlerinin yüksek seviyelerde olması ciddi kalp damar sorunlarının riskini artırabilir. 42-53 yaşları arasında 5,200 sağlıklı erkeğin 22 yıllık tıbbi geçmişini izleyen bir araştırmaya göre, kandaki serbest yağ asiti oranı yüksek olan erkeklerde, düşük olanlara göre ani kardiyak ölüm riski %70 artmaktadır. Serbest yağ asitleri kan akışına öncelikli olarak vücut dokularında depolanan yağdan girer.


Hem doymuş hem de trans yağlar kalp hastalığının riskini artırırlar. Bu da öncelikli olarak LDL seviyelerini artırmalarından dolayıdır. Yeni araştırmalara göre trans yağların tehlikesi daha büyüktür. Bir araştırmada 29 sağlıklı sigara içmeyen yetişkin dörder hafta boyunca iki farklı diyeti sürdürmüştür. İlki toplam kalorilerin %9.2’sini trans yağlardan almaktayken, diğer grup aynı miktarı doymuş yağlardan almaktadır. Araştırmacılar iki grubun da kan damarı işlevini, kan akışına göre damar genişleme tepkisini ölçerek belirlemiştir. Trans yağ diyeti doymuş yağ diyetine oranla, kan damarı işlevini %29, sağlıklı HDL seviyesini ise %20 daha fazla düşürmüştür. Trans yağların ana kaynakları hazır fırınlanmış ürünler, margarin ve kızarmış gıdalardır.