Etkili ve güzel bir makyajın olmazsa olmazı olan makyaj süngerinin doğru kullanımı kadar temizliği de önemlidir. Üzerinde yüzden kalma yağ, kir ve makyaj artıklarının olduğu bir makyaj süngeri bir dahaki kullanımda istenilen sonucu vermeyecektir. Bu yüzden makyaj süngerlerinin derinlemesine ve doğru temizliği kullanışlılık ve temizlik açısından büyük önem taşır.

Makyaj süngerlerinin temizlenmesinde ılık su yardımcı olacaktır. Çok sıcak veya çok soğuk bir su makyaj süngerinin yapısına zarar verecek pudra, allık gibi makyaj malzemelerine karşı tutucu özelliğini kaybetmesine neden olacaktır. Akan ılık ve duru suyun altında tutmak yerine bu ılık suyun dolu olduğu bir kaba süngerin batırılması tercih edilir. Bu kaba birkaç damla şampuan damlatılması daha ferah ve derinlemesine bir temizlik sağlayacaktır. Ancak buradaki şampuan kullanımı sonrası sünger üzerinde kalabilecek şampuan artıklarının iyi bir şekilde temizlenmesi gerekir. Aksi takdirde sünger üzerindeki bu şampuan kalıntıları yüz ile temas edecek ve çok hassas yapıda olan yüz bölgesine zarar verebilecektir. İyici temizlenen makyaj süngeri kuru bir havlu üzerinde kurumaya bırakılmalıdır. Makyaj süngerlerinin durulanması ve kurulanması zaman alacağından yedek bir süngerin her zaman tutulması önerilir.